הסיום הטרגי
"תקופת היציבות" הופרעה באביב 1943 עם האקציות של חיסול מחנות העבודה סביב וילנה והגטאות הקטנים (ביניהן "אקציית קובנה" [על שם היעד השקרי שמסרו הגרמנים] בה נרצחו בפונאר כ-5,000 יהודים מכמה עיירות).
הגטו עדיין המשיך את חייו, אך בקיץ החלו שילוחים של יהודים ברי כושר עבודה למחנות באסטוניה ולאטביה. בשילוח הראשון, שהיה ב-6 באוגוסט 1943 הועברו כ-825 גברים לאסטוניה. החשש לחייהם היה גדול, אך הם הגיעו בשלום והדבר הפיג במקצת את הפחדים של אנשי הגטו. בשילוח השני, שהחל ב-24 באוגוסט ונמשך שלושה ימים, היו כ-1,400 איש, בכללם נשים וילדים. האנשים רוכזו בכיכר רוסה על ידי המשטרה היהודית, אשר פעלה בקשיחות ואכזריות. השילוח השלישי נערך בימים 4-1 בספטמבר ונלקחו כ-3,000 גברים וכ-2,200 נשים. גם הפעם הריכוז היה ברוסה. בתחילה תפיסת האנשים בוצעה בידי גרמנים, אסטונים וליטאים, אך לאחר הקרב של המחתרת שצוין לעיל, הועברה המשימה לידי המשטרה היהודית, על פי הסכם בין גנס עם הממשל. המשטרה נסתייעה ב"משטרת עזר" של בריונים.
סה"כ שולחו למחנות אסטוניה ולאטביה כ-7,400 איש ואישה.
במהלך האירועים הטראגיים של חיסול הגטו נרצח ב-14 בספטמבר ראש היודנראט יעקב גנס. בעיני הגסטאפו הוא גמר את תפקידו. עמידתו האמיצה כבר הוזכרה לעיל. גריגורי שור מציין ביומנו: עוד באותו בוקר הזהירו את גנס שמתכוננים להרוג אותו ויעצו לו לברוח או למצוא מסתור כלשהו בתוך הגטו. אבל הוא ענה שבריחתו עלולה להביא לחיסולו של הגטו כולו ועל כן עליו ללכת לגסטאפו. במקומו של גנס העמידו הגרמנים את מפקד המשטרה היהודית סאלק דסלר, אך לגטו נותרו ימים ספורים (וממש לפני החיסול הוא ברח עם משפחתו).
במחצית ספטמבר הועברו במשך מספר ימים העובדים בסדנאות הרכב הק"פ (H.K.P.-Heeres Kraftfahrpark ) עם משפחותיהם למחנה עבודה שהוקם ברחוב סובוץ' והתבסס על שני בלוקים גדולים שהיו במקום – סך הכל קרוב ל-1,000 איש. כמו כן צורפו עובדים ומשפחותיהם למחנה "קייליס" לייצור פרוות, אשר הוקם בווילנה עוד בשנת 1941- ומספר היהודים בו הגיע גם כן לכדי 1,000 איש. אלה ועוד כ-150 איש שהועברו לעוד שני מחנות קטנים היו המאושרים האחרונים להינצל בשלב זה.
בגטו נותרו קצת מעל ל-9,000 איש, מודעים לקץ הקרב. במקום נוצר תוהו ובוהו. האנשים המיואשים פרצו למחסנים של המזון והציוד של היודנראט ואבדה כל שליטה.
ביום ה', ה-23 בספטמבר 1943, חוסל הגטו. משעות הבוקר המוקדמות הוא הוקף על ידי חיילים גרמנים ואוקראינים. קצין ה-ס"ס ברונו קיטל פקד על מלאכת החיסול. בפנייה לציבור בגטו הוא מסר הודעת כזב שהיהודים מועברים למחנות באסטוניה ולאטביה ועליהם לקחת את חפציהם הנחוצים. דבריו עוררו שביב של תקווה להמשך החיים ומנע התנגדות ובריחה המונית. תושבי הגטו רוכזו ברוסה, בדומה למה שקרה בשילוחים בעבר, אך בשוני גורלי: בדרך נעשתה סלקציה בין גברים ונשים ובעקבותיה הועברו בין 2,000-1,600 גברים ברכבות לאסטוניה. הנשים רוכזו בחצר מנזר המיסיונרים שברוסה למשך עוד שתי יממות, בתנאים נוראים של גשם, רעב וצמא, מכות והתנכלויות. אירנה לוסקי כותבת בספר הזיכרונות שלה: "רוסה היה גיהנום...כל הלילה עמדנו על רגלינו...הפחד היה גדול ללא שעור, שכן איש לא ידע מה יקרה בהמשך...גרמנים וליטאים בעלי כלבים עמדו בשורות ארוכות והראו בפרגול ימין ושמאל...כולם יכלו ללכת שמאלה ואילו ימינה רק מי שהופנה לשם...את אמי שלחו שמאלה ואילו אותי ואת תמרה [האחות הצעירה] ימינה...עזבנו את אמא והלכנו...ועד היום איני יכולה לסלוח לעצמי על כך". אחרי הסלקציה הנוראה שולחו 1,700-1,400 נשים בכושר עבודה למחנה קייזרוואלד ליד ריגה.
בסך הכל שולחו לאסטוניה ולאטביה בזמן החיסול 3,700-3,000 איש ואישה. כמה מאות זקנים, ילדים וחולים נשלחו לפונאר וכ-4,000 איש למחנה השמדה סוביבור. כ-1,500 מצאו מסתור במאלינות, יצאו לפרטיזנים והסתננו למחנות ה.ק.פ. וקייליס.
מחנות הק"פ וקייליס התקיימו עד סמוך לשחרור העיר על ידי הצבא האדום ב-13 ביולי 1944. ב-27 במרץ, נערכה בהם (וכמו כן בגטו קובנה) "קינדער–אקציע"- אקציה של ילדים, בה נתפסו ונרצחו מאות ילדים. המחנות חוסלו ב-3 ביולי ואסיריהם היו בין הקורבנות האחרונים של פונאר. בלילה האחרון הצליחו ב-ה.ק.פ. כ-150 איש לפרוץ את הגדר ולברוח. כמה מאות אנשים אחרים ברחו אף הם אך כ-350 נתגלו במחבואים ונרצחו במקום.
רובם המוחלט של יהודי וילנה במחנות אסטוניה ולאטביה נספו במקום או לאחר טלטולים מלאי סבל ואימה דרך מחנות אחרים.
מכל יהודי וילנה נותרו בחיים כמה אלפים בלבד. יחד עם האובדן הנורא בנפש נגזל גם הרכוש היהודי וניתצו נכסי התרבות והרוח, הדת והמסורת וההווי המיוחד של וילנה, אשר התגבשו מאות בשנים ונודעו בכל העולם היהודי.
כתב: ד"ר אהרון עינת
חיסולו של גטו וילנה likwidacja getta wilenskiego נכתב בפולנית בשנת 1946 בידי מנדל בלברישקי ותורגם לעברית בשנת 2020 בידי יצחק שפילמן.